Keberadaan organisasi ini disangkal oleh pemuka-pemuka agama dan para politisi seperti Hamzah Haz dan Amien Rais mengingat sulitnya memahami antara aksi dan tujuan yang hendak dicapai dari setiap aksi.
Menurut informasi intelijen, Jemaah Islamiyah mendapat bantuan keuangan dari kelompok teroris lain seperti Abu Sayyaf dan al-Qaeda. Jemaah Islamiyah berarti "Kelompok Islam" atau "Masyarakat Islam" dan dipemberitaan suratkabar disebut JI.
Jemaah Islamiyah dicurigai melakukan aksi pengeboman Bali 2002 pada tanggal 12 Oktober 2002. Dalam serangan ini, pelaku bom bunuh diri dari Jemaah Islamiyah disebut-sebut menewaskan 202 orang melukai beberapa lainya di sebuah nightclub. Setelah serangan ini, Departemen Luar Negeri Amerika Serikat menyatakan Jemaah Islamiyah sebagai pelakunya dan menyatakannya sebagai Organisasi Teroris Asing. Jemaah Islamiyah juga dicurigai melakukan pengeboman Zamboanga, pemboman Metro Manila, dan pemboman kedutaan Australia 2004 di Jakarta.
Sejarah jamaah islamiyah
Menurut pernyataan intelijen, JI merupakan konfederasi beberapa kelompok Islam. Sekitar tahun 1969, dua orang, Abu Bakar Bashir, dan Abdullah Sungkar, dianggap melakukan operasi untuk mengembangkan Darul Islam, sebuah kelompok konservatif Islam. Abdullah Sungkar sudah meninggal, sedangkan Abu Bakar Bashir sendiri membantah keterlibatannya dengan JI dan menyatakan tidak tahu menahu tentang JI. Meskipun JI dituduh melakukan pemboman di hotel JW Mariot, Jakarta, keterkaitan Abu Bakar Bashir dengan aksi itu dinyatakan tidak terbukti oleh pengadilan.
Bashir dan kawan-kawannya mendirikan radio untuk menyampaikan pengajian di Indonesia. Bashir juga mendirikan pesantren di Jawa. Motto dari pesantren itu adalah, "Hidup mulia atau mati mendapat surga."
Tanpa peradilan, Bashir dijebloskan ke penjara semasa pemerintahan Suharto karena dianggap membahayakan dan hidup di penjara selama beberapa tahun.
Selepas dari penjara, Bashir melarikan diri ke Malaysia di tahun 1982. Dia menjadi guru mengaji di Malaysia dan mempunyai banyak pengikut di negeri itu. Saat inilah dia dianggap mendirikan Jemaah Islamiyah dan pengikutnya tersebar juga hingga ke Singapura dan Filipina.
Anggota JI membuat dan menyebarkan pamflet, tapi tidak melakukan aksi teror. Bashir menyerukan jihad tapi dia tidak mau melakukan aksi kekerasan.
Menurut cerita intelijen, Bashir bertemu Riduan Isamuddin, atau Hambali di awal tahun 1990an di sebuah sekolah yang didirikan oleh Bashir. Bashir menjadi pemimpin politik dari organisasi itu sedangkan Hambali menjadi pemimpin militer.
Dikatakan pula bahwa Hambali menginginkan berdirinya kekalifahan Islam di Asia Tenggara, meliputi Indonesia, Malaysia, Singapura, Thailand, Filipina, Brunei, dan Kamboja. Negara seperti ini mempunyai penduduk sekitar 420 juta (menurut data dari CIA World Factbook). Negara seperti ini akan memegang kendali Laut Tiongkok Selatan yang merupakan jalur perkapalan besar dan menjadi pintu gerbang sebagian Asia dan Samudera Hindia. Negara seperti ini juga mempunyai ruang udara yang besar dan merupakan kekuatan dagang besar yang melibatkan India, Afrika, dan Australia.
Dinyatakan bahwa JI pertama kali melibatkan dirinya sebagai kelompok sel teror yang menyediakan dukungan keuangan dan logistik bagi operasi Al-Qaida di Asia Tenggara. Hambali mendirikan perusahaan yang bernama Konsojaya untuk membantu pencucian uang guna mendukung rencana itu, termasuk mendukung Operasi Bojinka yang gagal pada tanggal 6 Januari, 1995.
Bashir kembali ke Indonesia di tahun 1998, ketika pemerintahan Suharto tumbang, dan secara terbuka menyerukan jihad. Sedangkan Hambali bergerak di bawah tanah.
Di tahun 2000, Hambali dianggap melakukan serangkaian pemboman ke gereja-gereja kristen.
Menurut kesaksian seorang penerjemah di pengadilan, Pemerintah Amerika Serikat melalui duta besarnya, pernah meminta kepada pemerintahan Megawati untuk menangkap Bashir dan mengancam akan ada peristiwa jika hal itu tidak dilaksanakan. Megawati menolak karena tidak punya bukti untuk menangkap Bashir.
Ketika kemudian terjadi pemboman Bali, JI dituduh melakukan hal itu. Peristiwa lain yang dianggap dilakukan oleh JI adalah pengeboman hotel Marriott di Jakarta.
Bashir ditangkap polisi Indonesia dan mendapat hukuman karena dituduh menghasut dan memberi inspirasi bagi perbuatan teror.
Namun Bashir kembali di bebaskan karena tidak terbukti bersalah
Hambali ditangkap di Thailand pada tanggal 11 Agustus 2003.
Seorang pria kelahiran Inggris berkebangsaan Australia bernama Jack Roche mengaku menjadi bagian dari rencana JI meledakkan kedutaan besar Israel di Canberra, Australia pada tanggal 28 Mei 2004. Dia dihukum 9 tahun penjara pada tanggal 31 Mei. Pria ini mengaku bertemu dengan Osama bin Laden di Afganistan.
JI dicurigai melakukan pemboman di kedutaan besar Australia di Jakarta pada tanggal 8 Sep 2004 yang menewaskan 11 orang Indonesia (tidak ada orang asing yang tewas) dan melukai lebih dari 160.
